Veselé historky genetické, nejen pro Ptakopyska

Publikováno | Autor:

Matzurka

Asi všichni tušíte, že nejsou všichni biologové stejní, dokonce ani genetici. Někteří se zabývají rostlinstvem (botanikové), jiní zvířenou (zoologové), a i genetici si volí objekty svého zkoumání dosti často podle svých oblíbených rostlin či zvířat. Jsou to pak takoví hybridi (tedy ti kříženci zoolog x genetik či botanik x genetik), kteří jsou dnes vesměs označováni buď jako genetici evoluční (je-li jím bližší genetika) nebo molekulární ekologové (přeci jen je víc baví běhat v terénu a nahánět své budoucí vzorky). No, a jelikož občas není snadné rozhodnout, o jaký ulovený druh se jedná (popisem druhových rozdílů se zabývají taxonomové, to už je další sorta vědců, schopných si zapamatovat množství nezáživných informací zvící telefonního seznamu Mexico City), vydumali ti genetičtí koumáci tzv. DNA barcoding, neboli čárový kód na základě kousku DNA. Představit si to je poměrně jednoduché, řetízek DNA tvoří jen 4 různé báze ve specifickém pořadí, pro jednoduchost si je lze znázornit třeba barevnými korálky na šňůrce, přičemž je tam navlékáme ve zdánlivě náhodném pořadí (ve skutečnosti to pořadí určuje strukturu bílkovin). Pokud bychom to pak z obou stran zducli, tak to vytvoří barevný čárový kód, obdobný tomu černobílému na zboží v každém superhyper. Důležité na tom koumání bylo zjistit, který kousek kterého genu bude zrovna tak proměnlivý, aby se na jeho základě dalo určit, že zkoumaný objekt je třeba ježek východní a ne západní.

Tento rozlišovací kousek DNA, dále mu říkejme standardně „marker“, byl objeven celkem nedávno, v podstatě na přelomu tisíciletí. Předcházela tomu řada studií, které používaly řadu jiných markerů, a když už jich bylo opravdu, ale opravdu hodně, si pár lidí sedlo na zadek a začalo to množství informací třídit, až se jim vyloupl ten dnes používaný DNA barcoding.

Jednou z těch předcházejících studií byla i práce doktorů zoologie/genetiky Bakera a Palumbiho, kteří ve své době měli za cíl najít markery pro velryby. Jak je dobře známo, velryby jsou loveny a pojídány, ovšem je jich čím dál tím méně a mnohým druhům začíná hrozit vyhynutí (vlastně sežrání hladovým druhem Homo sapiens). Mezinárodní velrybářská komise proto požádala oba výše uvedené vědce, aby jim trochu pomohli, neb komisi se přeci jen zdály některé balíčky s masem na asijských trzích podezřelé. Oba kolegové projevili dobrodružného ducha, neboť aby neporušili zákon o zákazu vývozu masa z ohrožených druhů, odcestovali do Japonska s velkým kufrem, v němž bylo zapůjčené „cestovní“ laboratorní vybavení (firma věděla, jak se dělá marketing), a v hotelovém pokoji si udělali provizorní laboratoř. Pak se vypravili na nákupy, a donesli si celou škálu produktů označených „velryba“ od masa sušeného, soleného, marinovaného v sezamovém oleji či sójové omáčce, až po čerstvé řízky. Z tohoto materiálu extrahovali DNA, a pak připravili onen „marker“. Ten už se vyvážet může, takže přesnou sekvenci, tedy pořadí oněch barevných korálků, určily laboratoře na Novém Zélandu a v USA. Nooooo… konec si jistě domyslíte, ze 16ti vzorků jich bylo 5 z chráněných druhů, a další tři pocházely z delfínů a mořské želvy (což se sice asi lovit může, ale klamání zakazníků se přece nedělá). O něco později byla provedena podobná studie ve větším rozsahu, ta už zahrnovala i nákupy z Koreje, a z celkového počtu 954 vzorků jích bylo 773 opravdu z velryb (z toho zhruba 9% z chráněných druhů), zbytek opět z delfínů, želv, ale i ovcí a koňů. Ňam !

DNA Barcoding se tímto a dalšími případy stával stále více populárním, takže dnes existuje obrovská porovnávací databáze, používaná pro ledacos. Ovšem u zrodu tohoto projektu stál pro změnu zoolog/genetik kanadský, dr. Hebert. I jemu se podařil hezký kousek….

V r. 2007 si jedna paní v Chicagu koupila na asijském tržišti dvě mražené ryby („ďas mořský”), a uvařila z nich rodince dobrou polívčičku (příprava zahrnovala očištění, vykuchání a 7 hodin máčení ve studené vodě). Paní si dala pořádný nášup, manžel i dcerka si dali pár misek (dcerka spíš jen mističku), načež se rodičům udělalo velmi nedobře. Paní zvracející, s otupělostí a brněním v okolí úst, celkovou slabostí a bolestí na hrudníku přijali do nemocnice, manžel měl naštěstí příznaky slabší, takže byl ponechán v domácí léčbě, dcera byla bez příznaků. I začalo horečnaté hledání zdroje nemoci, takže byly zbytky kůže a vnitřnosti podrobeny chemické analýze; vyšetřování se zaměřovalo na tetrodotoxin, obávaný nervový jed. Samozřejmě že se do toho vložil federální zemědělský úřad, který má mimo jiné v popisu práce také dohlížet na kvalitu dovážených potravin. I strhla se mela převeliká, prací téměř detektivní byl zjištěn prodavač i další ochody, které obdržely stejnou či obdobnou zásilku s nevinným označením „ďas mořský, vykuchaný a bez hlav, vyprodukováno v Číně“. Kromě chemiků ty zmraženiny posuzovali i zoologové taxonomičtí, ale došlo i na dr. Heberta. Jemu byly zaslány rozvařené zbytky masa z oné polévky…. a mělo to dobrý konec, neboť i on na základě genetického markeru potvrdil podezření ostatních zúčastněných, že šlo o jedovaté čtverzubce, v Japonsku známé jako poněkud adrenalinová mlsota „fugu“. Paní se uzdravila po třech týdnech, manžel mnohem dříve, a dr. Hebert dnes stojí v čele nadnárodního konsorcia pro DNA Barcoding s cílem přidělit kódy všemu živému, co na této planetě pobíhá. Databáze je dnes obrovská, ale ukazuje se, že platí jen na živočichy, a ještě ne všechny. Ale nebojte se, pracuje se i na markerech pro další organismy, takže ve tmě tápat nebudeme.

A teď hezky do postýlek…. vlastně ne, pokud byste měli zájem nebo vás trápil nějaký prťavý živočich, kterého lze odchytit a v lihu zaslat k analýze, můžete se mi ozvat – tuhle identifikaci děláme s mými studenty v rámci výuky, a mnohdy je to rychlejší, než se dopídit specialisty taxonoma na tu či onu zvířecí skupinu (neboť na rozdíl od něho genetici neběhají v terénu mimo dosah signálu).

 

PS.

Oba uvedené případy jsou zdokumentované v odborných publikacích, pdf v AJ je volně k získání a mohu přeposlat.

Příspěvek byl publikován v rubrice Nezařazené a jeho autorem je Šumavák. Můžete si jeho odkaz uložit mezi své oblíbené záložky nebo ho sdílet s přáteli.

839 komentářů u „Veselé historky genetické, nejen pro Ptakopyska“

  1. pepo, mají to ta děcka horší a méně zábavné než my. Když jsme se museli fyzicky vykrádat z ložnice, abychom druhé straně něco sdělili, tak to bylo dobrodružství. SMS je nuda.

    Když to vykrádání z ložnice nebylo doma, ale třeba na táboře a druhá strana nebyla příbuzná, tak to bylo ještě větší dobrodružství. A když nás chytili, tak to bylo vůbec největší dobrodružství. Co dneska zažiješ s IPhonem? Prd!

  2. Martine, poslala jsem mail a moc prosím o odpověď, ať mám aspoň jeden úkol z krku. díky

  3. Nickname, soudím, že v Kroměříži je , stejně jako v Bohnicích, plno…. 🙂

  4. martine, kdyz mas v ajfounu ten „videohovor“ taky je to dobrodruzo a docela zajimave 😀
    ja bych moderni technologie prilis nezatracoval

  5. 2 Šumavák – ad 653 – a což potom v Opavě…

  7. OT swetr report,
    hluboce cítím s východem, co klouže po náledí…. u nás od jedenácti opět sněží (na Schumiho stupnici pro to není výraz), takže mi druhdy desetiminutová cesta z práce trvala přes půl hodiny, a to se mi podařilo z kolony zmizet boční uličkou a vzít to domů opačným směrem. Za chvíli vyrážím zpět do města (kroužek…), tak se modlím, aby aspoň ta kolona už byla pryč. Zespoda to začíná přimrzat, bude veselo.

    Zpátečníku, ty výpočty jsou mnohem jednodušší, více raději večer, teď bych to nestihla naďobat.

  8. Mne Klaus nikdy nijak zvlášť nezklamal a kupodivu Zeman také ne. Naopak ho považuji stran jeho článku, vydaného v TT za komančů, za velice statečného pána. Protože jsme se s ním následně mírně podružili, tak i za velice vtipného pána. Onu VK+MZ oposmlouvu považuji za geniální a podle řevu PL úspěšnou. Jeho buranský styl je mi vcelku sympatický, neb i já jsem byl pro drtivou většinu mých pražských inteligentních spolužáků totéž.

    Pana KS jsem již z mnou shora uvedených důvodů (měl za někoho odpovědnosta na celé čáře zklamal) neměl rád od první chvíle, kdy se v ČSSR objevil a kdy se motal u riti VH. Kandidatura za zelené hrůzy, schvalování a komentáře k LS, humanitárnímu bombardování, uznání muslimského Kosova a další milé skutky vč. hlasu pro zelenou energii pro mne znamenají jediné: Degenmere odpal, ať již se to někomu líbí nebo ne. Je to mé soukromé rozhodnutí, které nehodlám nikomu vnucovat. Stejně tak je ovšem zbytečné přesvědčovat mě. Howg.

  9. 650 ja si spletl tlacitko v mobilu pri odpovedi 😀

    651 jj nejsou trenovani a pk se vsechno hned vi.
    nebo je jim to ted jedno ?

  10. Matzurko, držte se – na silnici, pochopitelně.

    Tady zatím žádné kalamitní stavy, ačkoliv minulý týden anapadly dokonce cca třikrát tři centimetry sněhu ( u muzea jsem nebyla, tak nevím)

    Ale je pošnourno , šedivo, hmlisto ačkoliv Libuš hlásí -3, mokré silnice, klouzací chodníky a zrovna sněží.

  13. andy, minulo se to o minutu a už jsem byl mimo. Teď už jsem četl otázku i napsal odpověď.

  15. 661 tak – neciiiist !!! 🙂
    ja odborare i prepl v TV 😀
    ale asi musim koncit s prezidentskou volbou

    prisla mi domu z uherskeho hradiste hilzna 😀

  16. 650 Martine, když občas vykládám moudra o Bitýzu, Vikmanově, Beřkovicích a jiných ústavech, nemám to jen vygooglené 😉
    Hurá do práce na facebook. Když máte skupinu s podporou 80+ pro KS, nemůžete jim nerozbíjet hračky. 🙂

  17. 662: a ztroskotanci.

    Co se týče reklamy kandidátů, uvažuji, že bych se měl přihlásit až prezident Miloš Zeman bude s předsedou vlády (chtělo se mi napsat Václavem Klausem, ale přichází mi to až příliš odvážné) probírat kdo bude ministrem čeho. Umím řídit tank. Jak jsem vyslechl Zemanův k voličům, to rozhodně není málo!

  18. Paní Maydo, pane Schumachere, dovolil jsem si:
    Do hry vstupuje ruské třídění lidí: není náš, je cizí … Kdo si nepřeje jeho volbu, staví se do jednotné fronty, která spojuje Zemana s Klausem,…

    Když jsem byl ještě malý kluk, říkal jsem: podle sebe soudím tebe.

  19. maYdo, všechno jedno, emoce vládnou, emoce bublaj, emoce cákaj jak protržený potrubí!
    Dobře nám tak, neměli jsme si koledovat o přímou volbu – dalo se čekat…
    Ale už je to dost únavné.

  21. … Rozplynuly se národy, které se neosvědčily či ztratily vůli k vlastnímu svérázu…
    Kašubové nebo Lausitzer by mohli vyprávět. Karlíčku, Karle, co blázníš.

  22. Jo ztroskotanci, schumachere. já věděla že ti vyděděnci není úplně ono.
    To ten neměc, co mi schovává brejle a mobil a z tiskárny krade papíry, který jsem přece určitě vytiskla, mně tak zblbnul.

  24. Nickname,
    já to nějak politicky neřeším…
    mně jen zaujal ten barvitý slovník z jiné epochy.

    Ale jinak, když si to vyhodnotíte a oklepete ty sylistické ornamenty, tak v tom sdělení není nic než “ kdo nevolí knížete , je bůhvíjaká existence, nepřítel a bacha na něj“.

    Takhle přeloženo to sdělení už nemá tu humornou rozutomilost jako „temné katolické pseudokonzervativce“ a jednotná fronta zemana s klausem“

    No a co čápi a vrány? Někde se zdrželi?

    Ostzatněš to temní katoličtí pseudokonzervativci – ať se dívám zprava nebo zleva, ať to politický hnojiště vidlema přebírám, to označení pasiuje na partaj, která knížete nominovala.

    Tak za koho vlastně ten Stergeiwald kope?

  26. \Co se divíte, rputi, zaregistrovala jsem některé jedince, kteří vedli řeči, jak tuto vládu naházet do vltavy a na Kalouska nabrousit vidle, neb je to pekelník největší – a ejhle knížeti, za kterým ten Kalous stojí a který je místopředsedou té vlády, co ji chtěli naházet do Vltavy, se najednou klaní po pás a vůbec jim to není divný a ještě se štětí, když se Vy klanět nechcete.

    Nějak nevím, proč ten povyk, nakonec prezident u nás nemá moc pravomocí.

  27. Tak mě napadá…ten klid, to ticho….
    Ten ústavní soud s těmi stížnostmi čeká na to, kdo vyhraje, ne?
    Když KS, tak se jimi zabývat nebude, Když MZ tak budou opodstatněné a volba neplatná?

  29. Omluva Stránského mně docela potěšila. Alespoň někdo umí vychladnout a nechová se furt jak přetopenej kotel.

  31. Šumaváku: mohu se mýlit, ale mám dojem, že ÚS konstatoval, že stížnost je víceméně blbost a volby mohou normálně pokračovat. Pokud vynese nějaký doplňující verdikt (třeba to, že chtít 50.000 podpisů je fuj), bude se to týkat až voleb dalších.

  34. Adam B. Bartoš je podobně blbej jako většina journalistů – tedy neskonale 🙂 Trochu si popletl hrady 🙂

  35. ted jsem cetl v clanku o plynu v israeli krasnej vtip 🙂

    zraelský premiér Netanyahu dával k dobrému anekdotu, že Mojžíš 40 let vodil svůj lid pouští, aby našel jediné místo, kde zde není žádná ropa.

  36. A hele
    Kandidát Fišer dává přednost Zemanovi

  37. No ten je starej jako bible sama…
    A s plynem ať si nezahrávají, je to terorista. viz: http://www.novinky.cz/krimi/290738-vybuch-v-bioplynove-stanici-vazne-popalil-dva-muze.html
    Na druhé straně můžeme hrdě říci , že v rozvoji obnovitelných energií mílovými kroky doháníme tak technicky a technologicky vyspělé státy, jako je Německo.
    Ovšem nikoliv v novinářské práci! Tam pravidelně ještě informují, jak tuny rozstříknuté močůvky smrdí nejen ve vesnici, ale i v okolí… 🙂

  38. 687
    Šumaváku, to je vidět, že pasáček je rodinný typ a nechodí do putyky jako my, co ten ftip z hospod známe 🙂

  39. divano zrovna jsem chtel psat sumavakovi ze jsem mladsi jak on tak ten vtip nemuzu znat od zacatku.

    ted kdyz jste se pridala tak to nechejme na tom ze nechodim do hospody coz temer opravdu nechodim

  40. Fujtajbl to je hnus. Teda na silnicích tady v okolí. Aby nedošlo k omylu. A je pravda, že všichni účastníci silničního provozu, až na jednoho poděsa ve služební nákladní dodávce a téměř všechny chodce, se chovali přeopatrně. Chodcům jakoby nedocházelo, že když oni kloužou po dvou, ti v autech kloužou úplně stejně po čtyřech.
    Teď se déšť změnil ve sníh.
    A mě víc než presidentská kampaň zajímá, jestli mladí zítra ráno dovezou Sebíka na hlídání nebo si ho nechají doma.

  42. dano uz jste jim volala at zustanou doma?
    i kdyz doufam ze zitra kolem desate by to uz priroda spolu se silnicari zvladnou

  44. tož, Pavle, zas nemůžeš poo těch kadeřnících chtít, aby hledali vlasy na některých pánských hlavách zadarmo. 😀

  45. Hmm, tak petici na podporu Schwarzenberga podepsalo 270 vědců. :-O

    http://aktualne.centrum.cz/prezidentske-volby/clanek.phtml?id=769157

    To už je skoro jako když podepisoval „Kolektiv dojiček z Hoštic“, „99 Pragováků“ nebo „Brigáda socialistické práce státního podniku ČKD“.

    Jsem zvědav, jestli po volbách nastane v akademické obci horečné pátrání po tom, kdo nepodepsal. Nebo naopak, kdo podepsal.

    Některým lidem v tomhle státě jebe fest. 🙁

  46. Já mám strach , jestli s něčím takovým nepřijdou i zubaři. To by mě kleplo 🙂
    A něco pro odlehčení
    4z 5 koček volí Kitekat . Jen jedna Kchàrla 😉

  47. Lidi, já jsem prostá venkovanka z dálného východu, momentálně zamrzlého, ale může mi někdo zdejší, nebo ještě lépe některý z petentů petice zmíněné v 695 vysvětlit, proč v době přímé volby presidenta se sepisují petice na podporu jednoho z kandidátů? Není snad vhození volebního lístku do volební urny základním a nezvratným vyjádřením podpory toho kterého kandidáta? A to fakt sepsali a podepisují vědci, lékaři a vysokoškolští pedagogové? Badatelé???? Jak říkám, jsem jen venkovanka.

  50. No pratele budme k sobe uprimni… .ty volby nam seslalo samo nebe, a to mame jeste dobrych deset dni pred sebou. Vite kolik lidi se tady zaseberealizuje ?
    Vzpominate na „Cunka“ ? S tim jsme vydrzeli u Neffa poctive tri mesice, i kdyz pravda tam to puschoval jeste Cumil . . . 😉

Komentáře nejsou povoleny.